ラビリンチュラ類４種の全ゲノム解析プロジェクトが採択
アメリカ・エネルギー省の共同ゲノム研究所（JGI: Joint Genome Institute）のプロジェクト公募に，Stony Brook 大（アメリカ）の J. L. Collier 准教授を中心とし，日本（本多）を含むカナダ，インドの国際チームで申請を行ったところ，2009年6月29日に採択が公表されました。特に，ラビリン チュラ類の脂肪酸合成系には大きく2種類があることが示されていることと，進化的グループの多様性から，4種のゲノム配列を決定することとなり,それらの 比較ゲノム解析結果は，今後のラビリンチュラ類が関係する生物学，環境学，工学などの様々な分野に対して，多くの知見とさらなる発展に寄与するものと思わ れます。
関連する web pages
共同ゲノム研究所（JGI）からの発表 web page
http://www.jgi.doe.gov/News/news_09_06_29.html
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/cspseqplans2010.html
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/cspseqplans2010.html
ゲノム解析を行う４種（予定）
Aurantiochytrium (formerly Schizochytrium) limacinum ATCC MYA-1381
Schizochytrium aggregatum ATCC 28209
Aplanochytrium kerguelense
(c) Dr. Celeste Leander
Labyrinthula terrestris ATCC MYA-3074
(c) Dr. David Porter
なぜラビリンチュラ類が着目されるのか？
| 海洋生態系の重要な分解者 これまでは見過ごされていたバクテリア以外の分解者
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| DHA や EPA などの効率よい生産 医薬品，サプリメント，粉ミルク，飼料など
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| バイオ燃料の生産 ジェット燃料，軽油など
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| 産業廃棄物の処理 廃棄有機物を有用物質に変換
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| カロテノイド色素の生産 抗酸化作用のあるアスタキサンチン，β-カロテンなど
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| 魚介類，海草，芝生などへの病原性対策 二枚貝やタコなどの魚介類，藻場を形成するアマモ類、陸上の単子葉類など
に対する病原
性
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| 進化系統学的な理解の深化 真核生物全体の進化，系統を理解するためにも重要
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なぜ４種の比較ゲノム解析を行うのか？
我々の研究から，ラビリンチュラ類は大きく４つの系統群から構成さ れることがわかってきました。そのうちの１つで ある狭義のラビリンチュラ類は，細胞が外質で覆われるというユニークな特徴を もち，さらにこのグループとアプラノキトリウム類は，栄養細胞がスライド運 動をするという共通の特徴を持っています。あとの２つのグループであるヤブレツボカビ類グループ１と２のうち，特にグループ１は脂肪酸を高濃度蓄積する生物が報告されています。しかし，この中には脂肪酸合成の経路が異なる生物が混在していることもわかってきています。
そこで，狭義のラビリンチュラ類，アプラノキトリウム類のそれぞれ１種と，脂肪酸組成の異なるヤブレツボカビ類の２種を全ゲノム解析の対象にしました。 これらを比較することで，これらの生物の代謝生理的な特徴の理解や応用について大きな進展が期待できます。また，進化的な観点からも，ラビリンチュラ類と はどのような生物であり，他のとりまく生物との違いやつながりについても理解することができると思われます。
プロジェクト題目
「Comparative genome sequencing of four Labyrinthulomycete species
to provide new insights into their biosynthetic pathways and
role in global carbon cycling」
プロジェクト申請者
| Jackie L. Collier | Assistant Professor, School of Marine and Atmospheric Sciences, Stony Brook University, Stony Brook, NY 11794-5000, USA |
| Kirk Apt | Chief Research Scientist, Martek Biosciences, Columbia, Maryland, USA |
| Daiske Honda | Associate Professor of Systematics, Department of Biology, Faculty of Science and Engineering, Konan University, Kobe, Japan |
| Celeste Leander | Instructor, Departments of Botany and Zoology, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada |
| David Porter | Professor of Plant Biology, Emeritus, University of Georgia, Athens, Georgia, USA |
| Seshagiri Raghukumar | Managing Director, Myko Tech Private Limited, Goa, India |
| Clement Tsui | Research Associate, Dept. of Forest Science, Univ. of British Columbia, Vancouver, BC, Canada |