透過型電子顕微鏡（TEM）で観察すると，細胞の表面に複雑な膜構造が観察され，電子密度の高 い領域が仕切りとなるように，ここから原形質膜に包まれた外質（ectoplasm）を展開している。この特殊な膜状小器官はボスロソームと名付けられており，全生物でもラビリンチュラ類にしか見られない特徴として認識されている。

The bothrosome at the surface of the cell. (Aplanochytrium sp.  SEK 349) 外質ネットを伸長する器官であるボスロソーム。 複雑な膜構造と電子密度の高い細胞膜周辺の構造から構成される。

　ただし，外質内にはミトコンドリアなどのオルガネラだけでなく，リボソームも認められない特殊な領域となっており，基物に付着して表面積を増やし，酵素の分泌と分解された物質の吸収をしていると考えられている（Coleman & Vestal 1987）。

　狭義のラビリンチュラ類（Labyrinthula 属）では，群体を形成する多数の細胞が網状になった外質ネット（ectoplasmic network）を共有しており，それぞれの細胞はこれに包まれている。１つの細胞には20個以上の多数のボスロソームが観察されることがある。また細胞 は外質内にあるアクチンとミオシンが関与する滑走運動をすることが示されている（Dietz & Schnetter 1999; Nakatsuji & Bell 1980)。

Labyrinthula spp.

　一方，その他の属はヤブレツボカビ類として認識されており，細胞は外質には包まれておらず，それぞれの細胞には１つのボスロソームがあり，そこから放射状に細い外質ネットを展開する。Aplanochytrium 属では，運動性が認められ（Leander et al. 2004），Labyrinthula 属と同様の運動様式をもつ可能性がある。

Aurantiochytrium limacinum ATCC MYA-1381. Colony of vegetative cells with ectoplasmic nets and zoospore with heterokont flagella (upper light). 栄養細胞が集合した群体。四方に外質ネットを伸長している様子が観察できる。右上は２本の鞭毛をもつ遊走細胞。

　細胞外被（細胞壁）は，非セルロース，非キチン質の硫酸多糖類の薄板状鱗片が重なり合った構造をもつ。硫酸多糖類を細胞壁としてもつ。あまり多くの調査結果は知られていないが，Aplanochytrium 属では主成分となるのはフコースで，他のヤブレツボカビ類ではＬ-ガラクトースであることが知られている（Bahnweg & Jackle 1986; Darley et al. 1973, Ulken et al. 1985）。

細胞壁の糖組成

ゴルジ体で形成される鱗片